IMIĘ I NAZWISKO:
Paweł Sztromwasser

STANOWISKO:
Chief Technology Officer

DATA DOŁĄCZENIA:
marzec 2019

KP: Przez wiele lat mieszkałeś w Norwegii. Dlaczego wybrałeś akurat ten kraj? Opowiedz nam o doświadczeniu, które tam zdobyłeś.

PSz: Mój wyjazd do Norwegii był trochę spontaniczny i przypadkowy. Kiedy kończyłem studia magisterskie, bioinformatyka w Polsce była jeszcze na wczesnym etapie rozwoju. Wiedziałem, że za granicą w tej dziedzinie miałbym większe możliwości nauki, dlatego wysłałem 5 maili do różnych jednostek badawczych w Europie, specjalizujących się w bioinformatyce. Dostałem dwie odpowiedzi, z czego jedna brzmiała “przyjedź na rozmowę kwalifikacyjną” – dostałem nawet zwrot kosztów biletu lotniczego. Kiedy wysiadłem w Bergen, byłem zachwycony tym, że góry i morze są w jednym miejscu! Zaoferowano mi pracę programisty naukowego i po zdanym egzaminie magisterskim, przeprowadziłem się do Bergen. Po roku pracy rozpocząłem doktorat, a następnie staż podoktorski i tak zleciało… 8 lat.

Jeżeli chodzi o moją pierwszą pracę i późniejszy doktorat, w Computational Biology Unit, to była to jednostka czysto bioinformatyczna. Pracowało tam kilka zespołów, zajmujących się różnymi obszarami szeroko rozumianej bioinformatyki, dzięki czemu mogłem rozeznać się, sprawdzić i wybrać ten, w którym czuję się najlepiej.

Po doktoracie częściowo kontynuowałem pracę w tej jednostce, a częściowo pracowałem w szpitalu, gdzie miałem kontakt z genetyką kliniczną i to było coś, co chwyciło mnie za serce i trzyma tak naprawdę do tej pory. To pozwoliło mi zdobyć ogromne doświadczenie, z którego obecnie korzystam i które ukierunkowało mój dalszy rozwój oraz karierę.

KP: Czym obecnie zajmuje się zespół IT w MNM Diagnostics?

PSz: Zaczynając od podstaw, jeżeli chodzi o technologię – budujemy i zarządzamy infrastrukturą informatyczną, która jest niezbędnym elementem każdej firmy, zwłaszcza takiej, która prowadzi intensywne obliczenia na dużej ilości danych.

Dalej, idąc coraz bardziej w górę i zbliżając się do genetyki, wchodzimy w obszar najbliższy mojemu sercu, czyli bioinformatykę. Przetwarzamy duże ilości danych genomowych, oraz tworzymy oprogramowania i narzędzia, które automatyzują analizy genetyczne. To jest nasz główny obszar działania. 

W jego zakres wchodzi również analiza danych i otrzymanych wyników pod kątem ich jakości –  sprawdzamy jak działają używane przez nas narzędzia bioinformatyczne, czy uzyskujemy z nich wiarygodne wyniki, oraz czy dane, jakie procesujemy, nadają się do dalszej obróbki. Jeżeli nie, to szukamy przyczyny. Na jakość danych patrzymy zarówno pod kątem pojedynczych próbek, jak i na całe zbiory danych, pochodzące od pacjentów z konkretnym typem nowotworu, aby lepiej je zrozumieć i bliżej poznać. Ściśle współpracujemy także z zespołem R&D, który służy swoją wiedzą, patrząc na te same dane z genetycznego i klinicznego punktu widzenia. Razem staramy się znaleźć takie cechy, które mogą służyć jako biomarkery odpowiedzi na konkretne terapie przeciwnowotworowe.

Zwieńczeniem naszych wysiłków jest budowa klasyfikatorów, opartych o algorytmy uczenia maszynowego, które bazują właśnie na tych cechach. Dzięki nim i dzięki kompletnej informacji genetycznej, jesteśmy w stanie przewidzieć, na jaką terapię i z jakim prawdopodobieństwem odpowie pacjent chorujący na nowotwór.

KP: Jaką ilość danych i w jakim czasie jesteście w stanie przetworzyć? Jak wyobrażasz sobie zarządzanie danymi genomowymi za kilka lat?

PSz: Jeden genom to około 50 GB i są to surowe dane, które otrzymujemy tuż po sekwencjonowaniu. Żeby lepiej to sobie wyobrazić, pomyślmy, że jedna płyta DVD ma pojemność ok. 5 GB – to oznacza, że jeden genom zająłby 10 takich płyt. Dane od jednego pacjenta onkologicznego zajęłyby tak naprawdę 20 płyt, ponieważ sekwencjonujemy zarówno DNA z krwi, jak i z tkanki zmienionej nowotworowo. Standardowe dyski w laptopach mają ok. 250GB pojemności, co oznacza, że na jednym takim dysku zmieścilibyśmy 5 genomów.

Czas, jaki jest potrzebny na przetworzenie danych pochodzących od jednego pacjenta, zależy oczywiście od tego, z jakich serwerów i jakiej mocy obliczeniowej korzystamy. W naszym przypadku pojedyncza analiza trwa ok. 48 godzin. Do tej pory przeanalizowaliśmy ponad 3 tysiące genomów, a ilość wygenerowanych danych sięga 1 petabajta (1,000,000,000 megabajtów). Co więcej, zdecydowana większość danych została przetworzona w ciągu ostatnich 5 miesięcy. Myślę, że to robi wrażenie.

Jeżeli chodzi o zarządzanie danymi genomowymi, to widzę to na zasadzie dobrze funkcjonujących biobanków, być może narodowych, obejmujących swym zasięgiem populacje całego kraju. Biobanki zbierają materiał biologiczny, dane kliniczne, ale także dane z różnych analiz, wykonywanych na materiale biologicznym, np. dane genomowe. I pewnie największe zbiory danych genomowych będą na początku rosły wokół tych instytucji. Biobanki będą wymieniać się między sobą informacjami, a także będą udostępniać dane różnym jednostkom badawczym i komercyjnym, np. firmom farmaceutycznym. Tutaj jednak kluczowe jest wypracowanie ram prawnych, które pozwolą zmaksymalizować zysk dla społeczeństwa z gromadzenia i dzielenia się tymi danymi, jednocześnie ograniczając ryzyko wykorzystania ich w niewłaściwy sposób.

KP: Czy mógłbyś powiedzieć kilka słów o swoim zespole? Czy praca zdalna utrudnia wam kontakt?

PSz: W moim zespole pracują fantastyczni ludzie. Są to programiści, wdrażający się w bioinformatykę, próbujący rozmawiać z analitykami danych genomowych i starający się zrozumieć biologiczną stronę ich pracy. Z drugiej strony mamy bioinformatyków, którzy uczą się od programistów dobrych praktyk inżynierii, oprogramowania i bardziej strukturalnego podejścia do tworzenia skryptów i kodu. Mamy też Data Scientistów, którzy analizują dane i wizualizują je w sposób zrozumiały i przejrzysty dla analityków, a także tworzą narzędzia, które pozwalają analitykom genomowym działać wydajniej. Mam szczęście pracować z zespołem, do którego chce się codziennie wracać i z którym praca daje ogromną satysfakcję. To bardzo ważne w dynamicznym środowisku startupu.

Jeżeli chodzi o pracę zdalną – w ten sposób pracuję już od 5 lat. I chociaż lubię ten sposób pracy, to najbardziej brakuje mi atmosfery, która panuje w biurze. Za każdym razem, kiedy przyjeżdżam do siedziby firmy, zdaję sobie sprawę, jak wiele mnie omija, przez to, że pracuję na odległość. Dlatego bardzo się cieszę z każdej możliwości kompensowania tych zaległości. Jako że zarządzam zespołem zdalnie, łączymy się codziennie, żeby być w stałym kontakcie. Teraz jest to nieco utrudnione, bo bardzo się rozrastamy, a nasz zespół powoli rozbija się na dwa, które będą dalej specjalizować się w konkretnych już obszarach. Mimo to, wszyscy wiemy, że możemy na siebie liczyć i zawsze każdy znajdzie czas dla koleżanki i kolegi z zespołu.

KP: Co uważasz za swój największy sukces? Jakie wyzwania stawiasz przed samym sobą?

PSz: To bardzo trudne pytanie, ponieważ na każdym etapie życia miałem pewne sukcesy, które doprowadziły mnie do miejsca, w którym jestem teraz. Jeżeli jednak miałbym wybrać jedną rzecz, to byłby to fakt, że jednocześnie udało mi się zrobić i obronić doktorat, a także założyć rodzinę i być ojcem, który aktywnie uczestniczy w życiu swoich najbliższych. Jest to oczywiście ogromna zasługa mojej wspaniałej żony, która od zawsze bardzo mnie wspiera i bardzo wiele jej zawdzięczam. Takich sukcesów i takiego szczęścia życzę każdemu:)

Natomiast jeżeli chodzi o wyzwania i cele, jakie przed sobą stawiam – wychodzę z założenia, że powinno być się w miejscu, w którym czerpie się radość z tego, co się robi na co dzień i jest się z tego dumnym. I ja właśnie w tym miejscu jestem, a moim wyzwaniem jest to, żeby w nim pozostać i dalej robić rzeczy, które sprawiają mi radość i mają duże znaczenie.

KP: Jak najchętniej spędzasz czas wolny? Może zdradzisz nam jakąś ciekawostkę o sobie?

PSz: “Z górki na pazurki”. Najchętniej spędzam czas na świeżym powietrzu: jeżdżę na snowboardzie, na rowerze, chętnie chodzę po górach. Ogólnie czerpię przyjemność z różnych form aktywnego wypoczynku i tym staram się zarazić swoje dzieci, które coraz częściej mi w takim wypoczynku towarzyszą. Każda chwila spędzona razem z nimi daje mi dużo radości i staram się z nich korzystać jak tylko mogę.

Jeśli natomiast mówimy o ciekawostkach – startowałem kiedyś w Młodzieżowych Mistrzostwach Polski w nurkowaniu i miłość do nurkowania nadal we mnie pozostała. Kiedy mieszkałem w Norwegii, nurkowałem z kuszą, polując na ryby, co w tym kraju jest całkowicie legalne. Tych wypraw nurkowych bardzo mi brakuje. 

Chcesz wiedzieć więcej?

Powiązane wpisy