Webinar: Nowe podejście diagnostyczne w onkologii – profilowanie całego genomu

Webinar

Rozwój wiedzy o genetyce nowotworów jest dziś niesłychanie dynamiczny. Dzięki sekwencjonowaniu nowej generacji możliwe stało się zastosowanie terapii celowanej molekularnie. Dziś jesteśmy świadkami kolejnego przełomu: zmiany sposobu myślenia o leczeniu, które przestaje być dedykowane dla jednego typu histologicznego nowotworu, a zaczyna opierać się o identyfikację zmian molekularnych bez względu na lokalizację narządową guza. 

W webinarze dedykowanym specjalistom, dr Marzena Wojtaszewska przedstawi specyfikę terapii personalizowanej i ogromne możliwości, jakie do diagnostyki onkologicznej wnosi profilowanie całego genomu wspomagane algorytmami sztucznej inteligencji.

Profilowanie całego genomu

Webinar

Odpowiedzi na pytania zadane podczas prezentacji:

  • Czy testowane były WGS data z long read sequencing, takie jako nanopore, PacBio?

Nie testowaliśmy do profilowania całogenomowego długich odczytów, głównie ze względu na wciąż wysoką cenę sekwencjonowania. Chcielibyśmy, aby całogenomowa diagnostyka była osiągalna dla każdego Pacjenta, a przystępna cena jest do tego kluczowa.

  • Czy przy wstępnej analizie genomu używany jest Illumina Base Space Solutions, czy własna platforma?

Nie korzystamy z Illumina Basespace. Dane analizujemy od początku (od plików FASTQ) do końca na własnej infrastrukturze informatycznej, korzystając z własnej platformy bioinformatycznej. W pipeline’ach łączymy wiodące narzędzia bioinformatyczne m.in. narzędzia wykorzystywane przez The Cancer Genome Project, jak również np. Manta i Strelka2, które są zapewne dostępne w Basespace.

  • Na czym polega klasyfikator ALICE i czy już teraz można zlecić takie badanie?

Klasyfikator Alice jest obecnie na etapie walidacji i polega w dużej mierze na analizie pewnych cech genomu nowotworu tzw. blizn genomowych. Szczegóły są objęte patentem. Klasyfikator jest nadal na etapie opracowywania, w związku z tym możemy go zaoferować w przypadku badań naukowych lub badań klinicznych współpracującym z nami ośrodkom jako jeden z klasyfikatorów dotyczących braku rekombinacji homologicznej. Nie jest on jeszcze dostępny dla Pacjentów jako narzędzie diagnostyczne.

  • Jak długo czeka się na wyniki analizy całego genomu?

Analiza całego genomu w tej chwili trwa od 3 do około 8 tygodni, co związane jest z całym procesem technologicznym. Najpierw należy wyizolować materiał genetyczny Pacjenta. Następnie przeprowadzane jest sekwencjonowanie materiału genetycznego. Przeprowadzana w kolejnym kroku analiza bioinformatyczna tak dużej ilości danych zajmuje około tygodnia. Następnie specjaliści – analitycy genomowi – muszą zinterpretować wykryte warianty. Całość procesu analizy całego genomu trwa do 8 tygodni.

  • Kto wykonuje badanie całego genomu i czy każdy pacjent, tzn. od razu po diagnozie, czy w czasie wznowy lub z chorobą rozsianą może być w taki sposób przebadany?

W analizę całego genomu zaangażowany cały szereg specjalistów. Biorą w nim udział diagności laboratoryjni bioinformatycy, analitycy genomowi. Diagności laboratoryjni trzymają pieczę nad izolacją materiału i jego sekwencjonowaniem. Następnie, zespół bioinformatyków, zajmuje się kontrolą jakości otrzymanych informacji z sekwenatora. W końcowym etapie specjaliści analitycy genomowi, a także laboratoryjni genetycy medyczni, analizują warianty genetyczne. Nie jest to badanie wykonane przez jedną osobę, a raczej zespół specjalistów.

W tej chwili wykonujemy badanie całego genomu głównie Pacjentom w momencie diagnozy. Do wykonania badania potrzebujemy dość dużego skrawka tkanki, która posiada nacieczenie nowotworowe. Nie jesteśmy w stanie wykonać takiego badania z biopsji cienkoigłowej czy z bloczka parafinowego. Takie badanie można wykonać z nowotworu rozsianego albo z przerzutu. Nie może być to jednak materiał pobrany w czasie leczenia lub okresu remisji, ponieważ z takiego materiału możemy nie uzyskać komórek nowotworowych, co sprawi, że badanie będzie niemiarodajne.

  • Co w przypadku, gdy mamy nowotwór rozsiany i skąd wtedy pobrać tkankę do badania?

W przypadku nowotworu rozsianego można również wykonać badanie całego genomu. O miejscu, z którego pobrana zostanie tkanka decyduje chirurg w czasie zabiegu. Możemy pobrać i zbankować kilka fragmentów takiej tkanki i albo zdecydować po wyniku badania histopatologicznego, który z tych skrawków zawiera największy procent komórek nowotworowych, albo też połączyć obie próbki i wykonać analizę uśredniającą dla obu tych próbek, w której będziemy w stanie wyłowić zmiany genetyczne obecne w obu (kilku) z tych lokalizacji.

  • Czy badanie całego genomu to jest badanie jednorazowe, czy w przypadku wznowy nie są potrzebne kolejne badania?

Porównując próbki materiału biologicznego pobranego w momencie diagnozy i materiału pobranego z tkanek przerzutowych, możemy powiedzieć, że w próbkach przerzutowych pojawia się stosunkowo niewiele nowych wariantów. Są one związane głównie z progresją choroby lub opornością na dotychczasowe leczenie. Są to np. mutacje w miejscach uchwytu leków celowanych. Blizny genomowe, które były obecne na początku – w momencie diagnozy – pozostają takie same.